對行程超出本州主要走廊的旅客來說，國內航班不只是方便，而是必不可少。而在這個連廉價航空都準時如鐘的國家，搭飛機是體驗日本地理多樣性最值得的方式之一。
日本的航班網絡
日本的國內航班網絡十分廣泛。兩大主要航空公司是日本航空（Japan Airlines，JAL）和全日空（All Nippon Airways，ANA），兩者都是全服務航空公司。光是從羽田機場出發，ANA 就飛往全國 40 多個機場。[1]主要樞紐包括東京羽田（HND）、東京成田（NRT）、大阪關西（KIX）、大阪伊丹（ITM）、名古屋中部（NGO）、福岡（FUK）和札幌新千歲（CTS）。
廉價航空也佔有一席之地。樂桃航空（Peach Aviation）和捷星日本（Jetstar Japan）在熱門航線上提供精簡服務的選擇。請確認你的航班使用哪個機場和航廈，因為廉價航空不一定與全服務航空公司從同一個機場起飛。
東京與大阪之間搭飛機的人較少，因為最快的東海道新幹線從東京到新大阪只需 2小時21分鐘。[2]航班真正的優勢在較長的航線：東京到札幌、東京到沖繩（那霸）、大阪到石垣，以及前往奄美和沖繩群島較小島嶼的航線，這些地方的航空往往是通往本土唯一實際可行的交通方式。
艙等與舒適程度
日本的國內航班相對較短，所以艙等結構比國際航線簡單。JAL 和 ANA 在許多國內航線上都提供標準經濟艙和高級艙。
JAL 和 ANA 的經濟艙比許多旅客預期的更好，座椅保養良好，腿部空間也算合理。高級艙提供更寬的座椅和升級的服務，在最繁忙的航線上很受商務旅客歡迎。在付費升等前，請先查看航空公司針對你的機型提供的座位圖。
樂桃和捷星日本等廉價航空採單一艙等，額外服務另外收費，因此比較總成本時要把行李費算進去。樂桃允許隨身行李最多 7 公斤，合計 2 件，捷星日本航班也提供 7 公斤的隨身行李額度。[3][4]
訂位與機票
JAL 推出JAL Japan Explorer Pass，這是一組國內航班的特別票價，能讓搭飛機出乎意料地划算。它僅限居住在日本以外、且持有往返日本的國際機票的旅客，可前往國內航線上 30 多個城市。[5]購買前請在航空公司網站上確認最新條件。
直接透過航空公司網站訂位很簡單，大多數都支援英文介面。若要比較多家航空公司的票價並找出最適合你路線的選擇，GoAsia.cc 這類平台讓你能同時搜尋日本國內航班和其他交通方式，方便你針對行程中的每一段權衡搭飛機還是搭火車。
提早購買通常能拿到最好的價格，不過較便宜的票價往往附帶更改和取消的限制。全服務航空公司的臨櫃票價通常比較貴，而廉價航空採動態定價，因此提早訂位同樣重要。
機上體驗
日本國內航班是安靜高效的典範。登機井然有序，廣播以日語和英語進行。
在 JAL 和 ANA 上，可享有免費飲料。廉價航空則販售飲料和輕食。
Wi-Fi：ANA 國內航班的 Wi-Fi 服務在大多數機型上對所有艙等免費，約在起飛後 5 分鐘開始提供。[6]廉價航空的機上服務通常較少，所以請在登機前下載好需要的內容。
行李處理效率高，托運行李很快就會送到行李轉盤。
日本搭機旅行小撇步
- 盡可能選羽田而非成田。東京羽田機場離東京市中心近得多，單軌電車和火車的接駁也很優秀。訂位前請確認你的航班使用東京哪個機場。
- 提早抵達。日本的機場很有效率，但在黃金週、盂蘭盆節和新年假期期間會極度擁擠，所以要多預留時間。
- 把航班與新幹線比較。對於東京到大阪這類中距離，若算上前往機場的交通和安檢，子彈列車從出發地到目的地通常更快。對於更長的距離或島嶼目的地，搭飛機幾乎總是更好的選擇。
- 留意旅客優惠票價。JAL Japan Explorer Pass 就是一例。需符合資格要求和訂位條件，請仔細閱讀細則。
- 搭乘廉價航空時輕裝上陣。樂桃和捷星日本對隨身行李有重量限制，超重行李費很快就會累積。前往機場前先秤一下行李。
- 留意颱風季。夏末和秋季的颱風可能打亂航班時刻，尤其是前往沖繩和九州的航線。在這幾個月，涵蓋天候延誤的旅遊保險是明智的投資。
- 探索顯而易見之外的地方。國內航班能通往多數遊客忽略的目的地，例如鹿兒島的火山地貌、宮古島的海灘、北海道東岸的荒野，以及屋久島的森林。
